通常は「ファイル」でフォーマットをして下さい。フォーマットした場合でも連番でファイル作成をします。（手動でバックアップする場合、ファイル名の上書きを防止出来ます。）
「フォルダー数が制限を超えています」「記録出来る管理番号の上限に達しました」表示された場合は、「ファイル＋管理番号」でフォーマットして下さい。または、HDDを初期化する場合に使います。